BioMCP — это универсальный биомедицинский MCP-сервер, который объединяет десятки авторитетных научных баз данных в единый командный интерфейс для исследователей, клиницистов и AI-агентов. Вместо того чтобы переключаться между PubMed, ClinicalTrials.gov, ClinVar, UniProt, OpenFDA, STRING, Reactome и множеством других источников с разными схемами аутентификации и API-документацией, пользователь или AI-агент получает одну бинарную утилиту с унифицированной грамматикой команд для поиска, анализа и кросс-референсинга информации о генах, вариантах, лекарствах, заболеваниях, клинических испытаниях, диагностических тестах, сигнальных путях, белках и фармакогеномике. BioMCP поддерживает как локальный анализ загруженных датасетов cBioPortal, так и live-запросы к публичным API.
Ключевые особенности:
Унифицированный поиск по 13 типам сущностей: Единая грамматика biomcp get и biomcp search охватывает гены, варианты, статьи, клинические испытания, диагностические тесты, лекарства, заболевания, сигнальные пути, белки, побочные эффекты, фармакогеномику, GWAS-исследования и фенотипы, позволяя AI-агенту работать со всей биомедицинской экосистемой через один интерфейс.
Интеллектуальное разрешение запросов: Команда biomcp discover преобразует нечеткие запросы — алиасы, торговые названия, симптомы и близкие названия концептов — в корректные идентификаторы сущностей до выполнения типизированного запроса, что критически важно для AI-агентов, получающих запросы на естественном языке.
Кросс-сущностные переходы (pivots): Возможность двигаться от известного гена к связанным вариантам, лекарствам, заболеваниям, клиническим испытаниям, сигнальным путям, белковым структурам или статьям без перестроения контекста, что позволяет AI-агенту исследовать связи между биомедицинскими концептами естественным образом.
Локальная аналитика исследований: Команды семейства study обеспечивают локальный анализ загруженных датасетов cBioPortal — запросы, когортный анализ, анализ выживаемости, сравнение групп и анализ ко-встречаемости с построением графиков в форматах терминала, SVG и PNG.
Сквозной поиск литературы с дедупликацией: biomcp search article параллельно опрашивает PubTator3 и Europe PMC, дедуплицирует PMID/PMCID/DOI и опционально добавляет Semantic Scholar для расширенного поиска, а article citations, article references, article recommendations и article entities разворачивают одну статью в окружающую доказательную базу.
Обогащение генных наборов: biomcp enrich использует g:Profiler для функционального обогащения списков генов, а секции обогащения внутри страниц других сущностей используют Enrichr, предоставляя AI-агенту инструменты для интерпретации омиксных данных.
Пакетная обработка и обогащение: biomcp batch выполняет до 10 сфокусированных get-запросов с общей JSON-метадатой, а biomcp enrich добавляет функциональные аннотации, что позволяет AI-агенту эффективно обрабатывать множественные запросы.
Подсказки для рабочих процессов: Команда biomcp suggest “<вопрос>” возвращает соответствующий worked-example playbook и две стартовые команды, направляя AI-агента по оптимальному пути исследования для конкретного типа биомедицинского вопроса.
Установка навыков в один шаг: biomcp skill install ~/.claude —force разворачивает готовые рабочие процессы исследования в директорию агента, делая BioMCP немедленно доступным для Claude Desktop и других MCP-клиентов.
Гибкое развертывание: Поддержка локального stdio-режима для десктопных клиентов и удаленного HTTP-режима (biomcp serve-http) для общих или серверных развертываний с health-пробингом на /health и /readyz.
Для кого: Биомедицинские исследователи, нуждающиеся в AI-ассистенте для кросс-референсинга информации из десятков баз данных без ручного переключения между сайтами. Клиницисты, ищущие связи между генетическими вариантами, лекарствами и клиническими испытаниями для принятия решений по лечению. Биоинформатики и data scientist’ы, выполняющие обогащение генных наборов и анализ выживаемости на локальных датасетах cBioPortal. Разработчики AI-приложений в сфере здравоохранения и фармацевтики, создающие инструменты для анализа биомедицинских данных и поддержки клинических решений.
Сценарии использования:
Исследование генетического варианта и его клинического значения: AI-агент получает запрос о “BRAF V600E”, через biomcp get variant извлекает данные ClinVar, OncoKB и CIViC, через кросс-сущностный переход находит связанные лекарства и клинические испытания, и формирует сводку о патогенности, таргетной терапии и доступных триалах.
Систематический поиск литературы с построением графа цитирования: AI-агент ищет статьи по гену через biomcp search article -g BRAF —limit 5, получает дедуплицированные результаты из трех источников, затем через article citations и article references строит граф цитирования для ключевой публикации.
Анализ выживаемости на локальных данных: AI-агент загружает датасет cBioPortal, через study cohort выделяет когорту пациентов с мутациями в конкретном гене, через study survival строит кривые Каплана-Мейера и сравнивает группы с визуализацией в SVG.
Обогащение списка дифференциально экспрессированных генов: AI-агент получает список из десятков генов, через biomcp enrich отправляет их в g:Profiler и возвращает обогащенные категории GO, пути KEGG и Reactome с уровнями значимости.
Поиск клинических испытаний с фильтрацией по статусу: AI-агент через biomcp search trial -c melanoma -s recruiting находит активные исследования по меланоме, извлекает локации, критерии включения и контактную информацию.
Фармакогеномная проверка перед назначением: AI-агент через biomcp get pgx CYP2D6 recommendations извлекает рекомендации CPIC и PharmGKB по дозировке лекарств в зависимости от генотипа пациента.
Цены и доступность: BioMCP полностью бесплатен и распространяется с открытым исходным кодом под лицензией MIT. Установка доступна через curl одной командой (curl -fsSL https://biomcp.org/install.sh | bash) или через PyPI как пакет biomcp-cli. Большинство команд работают без API-ключей. Опциональные ключи (Semantic Scholar S2_API_KEY и другие) улучшают rate limits, но не обязательны для базовой функциональности. Сервер может быть развернут удаленно через biomcp serve-http для общего доступа. Никаких платных подписок или тарифных планов не предусмотрено — BioMCP выполняет запросы к публичным API, соблюдая их лицензионные ограничения (основное предупреждение касается KEGG для неакадемического использования и COSMIC, доступ к которому только косвенный).
